1181年，圣五伤方济各生于亚西西，父亲经商，为人正直，家道小康。方济各自幼乐善好施，贫人向他求助，他从不拒绝。

方济各二十岁那年，亚西西城与华鲁日城发生战争，方济各加入军队，被敌人俘虏，监禁了一年。他恢复自由后，生了一场重病，死里逃生。可是他身体越衰弱，精神却越坚强，忍受一切痛苦，丝毫不出怨言。

方济各病愈，决定再度从军，以重价买了一套高贵的武装配备。他骑了马在路上走的时候，遇见一个武士，衣冠不整，精神颓丧．不禁起了怜悯的心，就把自己的盔甲武器送给那武士。当夜方济各在睡梦中看见自己在一个华丽的宫殿里，墙壁上挂满各种武器，武器上刻有十字圣号。同时他听到一个人对他说：“这些武器，属于你和你的兵士。”

到了天明，方济各继续前行，半路上患病，在史门德小住几天。有一个神秘的声音对他说：“快些回去，侍候‘主人’比侍候普通人来得好。”于是，方济各不再迟疑，取道回家。此后，他的生活更加严肃，一天到晚祈祷念经。人们见方济各的生活完全改变了，就问他是否在谈恋爱。方济各道：“是的，我快要娶一个世界上最美丽、最有德行的女子。”（这里暗指他将娶“神贫”为妻）

方济各决定变卖全部家产，购买福音的“财宝”。他一时还不知道用什么方法着手，可是他坚信基督化的生活，应以克苦、克制自己为出发点。

有一天，方济各在亚西西骑马赶路，半路上遇见一个麻疯病人，皮肉溃烂，非常可怜。方济各立刻从马上跳下来，麻疯病人伸手向他求施舍，方济各一面拿出钱来，一面俯身用口亲吻那个病人。

从那时候起，方济各常去各医院探访病人，亲手侍候他们。遇到了贫人，解囊相助，甚至把身上穿的衣服脱下来给了人。

有一天，方济各在亚西西城外的圣达弥盎堂祈祷，听见一个神秘的声音从苦像上发出来，那声音说“方济各，你看见吗？我的房子快要倒塌了，你赶快去修理吧！”方济各听了，以为耶稣命令他修理圣堂，就回到家中，拿了几套衣服，装在马背上，到市场变卖。他将卖来的钱交给达弥盎堂神父，请神父准他住在堂里。神父准他在堂中寄宿，但不肯收他的钱，方济各就把钱放在门槛上。他父亲知道了，大发脾气，赶到达弥盎堂找儿子。方济各躲了起来，守斋祈祷。过了几天，穿了破旧的衣服出门，人们讥笑他是疯子。父亲知道了，更加怒气冲天，把方济各拖回去，关在家中。

几天以后，父亲有事外出，母亲把他放走。方济各又回到达弥盎堂。父亲赶到堂中，强迫方济各回去，否则就剥夺他的继承权，并要求他把变卖衣服所得的钱交出来。方济各表示：剥夺继承权，那不成问题，可是卖衣服的钱已经捐给教堂，怎么能要回来？亚西西主教劝方济各向教堂索回捐款，还给父亲。方济各遵命，接着他把身上穿的衣服也脱下来，一并交还给父亲。主教的佣人，送给了一件外衣给方济各。方济各连声道谢，用粉笔在衣服上写了一个十字，穿在身上。

方济各一路向前走，一路唱歌赞美天主，中途遇见一伙强盗问他以什么为业，方济各道：“我是伟大君王的前驱。”强盗把他痛打一顿，推在泥沟中。方济各从泥沟中爬上来，把身上的雪拍掉，继续向前走。他到了一座修院，人们不认识他是谁，以为是一个乞丐，收容他暂住。城中有一个人，过去在亚西西认识方济各，送给他一件外衣，一根腰带，一双鞋子。衣服虽然破旧，还算整洁，方济各穿了二年。

方济各回到亚西西圣达弥盎堂，挨户求乞，乞得的钱，用来修理圣堂。亚西西城中的人，都认识方济各，知道他是富家出身，大家讥笑他自讨苦吃。方济各任凭别人怎样冷讽热嘲，一句话也不说。他亲手搬运石块，参加修理圣堂的工程。圣达弥盎堂修建工程完毕，圣方济各又给另一座破旧的圣堂募捐修理。之后，他到城外“天神之后”小堂去，这座小堂地点很幽静，方济各就在那里住下。

1209年圣玛弟亚宗徒瞻礼，方济各明白了他今后的工作方针。那时候，玛弟亚宗徒瞻礼弥撒中念的福音经是玛窦福音第十章七节至十九节：你们去讲道，告诉众人…天国近了…你们白白地获得的，你们白白地送给别人。不要有金子……也不要有两件外衣，鞋子，手杖。看呀！我派你们去如同送羊到豺狼中间一样。”这几句话直打入方济各的心坎。他立刻脱下鞋子，把手杖、腰带丢掉，身上只穿一件破旧的外衣，用一根绳作腰带。方济各开始向众人讲道，劝罪人悔改。他路上遇见人就用这几句话招呼他们道：“愿吾主赏赐你平安！”

天主赏赐方济各说预言和显灵迹的神能。当他募捐修建圣达弥盎堂的时候，常对众人说：“请你们帮助我完成这工程。将来有一天，这座圣堂将改成女修院。吾主将藉着这座女修院在普世获得光荣。”这几句话，五年后果然实现了、圣达弥盎堂成了圣女加辣的修院。

史巴德有一个人面部生了肿瘤，溃烂不堪。他遇见方济各，想跪下来，求圣人治愈。方济各连忙阻止他，用口亲他的面，那人当场就好了。圣文都辣评述这段灵迹道：“我不知道哪一件事更值得我们钦佩？是圣人亲吻病人的面更值得我们钦佩呢？还是灵奇治愈瘤病更值得我们钦佩？”

方济各的神贫克苦精神，受到众人的注意。许多人想拜他为师，随侍左右，参加荣主救灵的伟业。这批门徒中，第一位是伯尔纳铎。伯尔纳铎是亚西西的商人，他对方济各的生活很感到兴趣，有一天，招待方济各到他家里住宿。伯尔纳铎和方济各的床平列在同一卧室里，伯尔纳铎假装熟睡，窥视方济各做些什么。方济各从床上起来作长祷，反复诵念这两句话：“我的天主和我的一切。”伯尔纳铎看了，不胜钦佩，心里想道：“这人真是天主的仆人”过了一个时期，他要方济各收录他为门徒。二人一同望弥撒，一同阅读圣经。伯尔纳铎把全部家产变卖，施舍给贫人。亚西西大堂的参议伯多禄，也想加入方济各的队伍。1209年4月16日，方济各颁赐会衣给伯尔纳铎和伯多禄二人。第三个弟子是有名的基利修士。弟子的人数到了十二个，方济各就订立了一份简单的会规，其中大部分采自福音的宝训。

1210年，方济各带了这份会规到罗马去，求教宗依诺增爵三世批准。大部分枢机都不赞成，他们认为修会的数目已经不少，只要将已存在的修会会规稍加改革，就可以有很好的效果，何必另起炉灶，创立新修会。只有高隆诺枢机力排众议，赞成批准方济各的会规。教宗在睡梦中，看见一棵棕树，茂盛地在他足下长起来；他又看见拉特郎大殿摇摇欲坠，一个人大踏步走去，把大堂扶住，不让它倒下来，那人不是别人，就是方济各。

教宗召方济各来，口头批准了会规，委派方济各和他的门徒出外讲道劝化罪人。

方济各和他的弟子们最初住在亚西西城外一个茅屋里，每天出外讲道。过了一个时期，主人要将茅屋收回，催方济各搬家。方济各就去同苏伯雪山修院的院长商量，院长把巴丁古拉小堂送给方济各。方济各不愿取得这座小堂的产权，只肯以使用人的身份住在堂里。为了表示产权属于苏伯雪山修院，他每年送一篮子鱼给他们，苏伯雪山修院则送一篓油给方济各会，至今方济各会会士和本笃会会士每年保持这习惯，互送鱼、油。

方济各为了彻底实践神贫的精神，不愿他的修会享有任何产权，他以神贫为方济各会的基本精神。他自己也以身作则，在衣服方面，在一切用具方面，处处表现神贫的精神。

方济各称自己的身体为“驴子”，因为驴子的命运是背着重担走路，被人鞭打，吃最粗糙、最少量食物。他认为一个人偷懒好闲，就像一只苍蝇一样，因为苍蝇从来不做有益的事，总是给人们麻烦。

方济各不赞成门徒操务过分的苦行。某一位修士克身太严，夜间不能入睡，方济各亲手拿了食物，端给他吃，而且，为了不使他难堪，自己也和他一同吃。

方济各最初经受了很强烈的诱惑。他时常把身体浸在雪沟里，或用鞭子打自己，来克服诱惑。

方济各认为一个人在天主台前有什么地位，那才是他真正的地位，世俗的赞誉绝对不能增加一个人的真正价值。他非常谦逊，认为自己不配祝圣为司铎，愿终身作一个普通的修士。

方济各不赞成古怪的举动。有一次，人们告诉他某修士终日保持静默不说话，他承认自己的过失时，也只作手势，从来不开口。方济各认为这种举动太矫枉过正：“这不是天主的精神，这是魔鬼的精神。这是一种诱惑，而不是一种德行。”

天主用神光照耀方济各的智慧。他的观察和判断力非常准确，他的知识大都不是从书上得来的。他对一位修士说：“一个人假如虔诚地诵念‘圣三光荣经’，在天主台前已是一个有学问的人了。”

方济各爱护动物、控制动物的神能，颇为人津津乐道。有一天，在亚维诺讲道，燕子于旁边乱鸣。圣人谴责它们道：“你们说话说了好久，现在应当让我来说话了。”他命群鸟鸣唱，赞颂造物主。在大西米湖畔，有一只白兔常常跟着他走，不肯离开。

方济各在“天神之母”堂的那一段时期，可以说是培养训练神贫和友爱精神的时期。修士们按照各人擅长的技能，操手工为业，或在邻近农庄工作。没有工作的时候，挨户求乞，可是绝对不能接受金钱的施舍。修士们踊跃为众人服务，他们主要的服务对象是麻风病人，以及其他性质类似的可怜的病人。方济各称麻风病人为“我的兄弟——基督徒”。

方济各的门徒一天比一天增加。其中有一位是著名的“天主的小丑”吉尼本（有一次，吉尼本到罗马去，众人集合欢迎，不料他在城外和孩童们玩起跷板的游戏），圣女加辣称吉尼本为“天主的玩具”。

圣女加辣听了方济各的讲道，于1212年春季弃俗修道，后来创立了著名的加辣会。

1212年秋季，方济各决定渡海往远地向回教徒传扬福音。他和一位修士在安可那搭船向叙利亚进发，不料中途船只失事，在谭马西亚海岸沉没。二位传教士身无分文，只好打消远行的计划，取道回家。

方济各在意大利中部传教一年，准备再度到回教国家传教。这一次的计划是取道西班牙，往摩洛哥。不料事与愿违，到了西班牙，就生了一场重病，旅行的计划，又不能实现。等他病好了，就回到意大利继续执行荣主救灵的神圣事业。

为了表示谦逊起见，方济各会会士取名“小修士”。方济各希望本会会士都应谦卑自下，处处选择最低微的位置。圣人敦嘱会士从事手工，实践基督的神贫精神，不以求乞为耻事。会士讲道，事前必须获得当地主教的批准。

方济各会会士的工作，受到众人普遍的赞扬，分院设翁伯利亚、托斯加尼、隆巴弟、安可那各地。1216年，方济各到罗马，和圣多明我作历史性的第一次会晤。多明我过去在法国南部传教（参阅本书八月四日圣多明我瞻礼）。方济各一度有意亲往法国，乌古利诺枢机（未来的额我略九世教宗）劝他不要去。他就改派伯西非古和安尼洛两位会士到法国，后来安尼洛又派方济各会会士到英国设立分院。

方济各会的迅速发展，乌古利诺枢机是一位很重要的功臣。他常向方济各提供宝贵的意见。要使会士人数激增，必须有坚强的有系统的组织。修会分成若干省区，省区各置省会长一人，负责照顾本省区会士的灵魂利益。假如由于省会长的疏忽，有一个会士“丧亡”，省会长应当在主基督耶稣台前负责。

方济各会很迅速地越过意大利的边界，向西班牙、日耳曼、匈牙利等地推进。

1217年，方济各会召开第一次全体大会。两年后，举行“草席”会议（这一次会议由于出席的会士人数太多，搭建临时屋舍，铺以草席。所以一般人就称这会议为“草席”会议）。相传出席的人，达五千名之多。方济各对会士说：“天主召我走诚朴谦逊的道路，这是我和跟随我的人应走的道路。天主要我在世界上作一个贫穷愚笨的人，所以你们切勿自持聪明……。”若干会士提议申请教宗颁赐特权，让会士们自由往各地讲道，不必取得当地主教的许可。方济各对他们说“假如主教认为你们有圣德的话，他们一定乐于请你们讲道训人。你们应有的‘特权’是：在什么事上，你们一些特权也没有。”会议结束，方济各派一批会士到突尼斯、摩洛哥传教，他自己则准备到埃及、叙利亚宣扬福音。

1219年6月，方济各带了十二位会士扬帆向埃及进发，在尼罗河三角洲登陆。那时候，十字军正驻扎在那里。方济各拯救人类的热情如火如荼一定要只身投入撒拉逊军营。人们警告他说：“基督徒被撒拉逊人捕获，当场处以死刑。”圣人早已将生死置之度外。他获得教宗钦使的特许，带了依路米诺大修士来到敌营，高呼道：“苏丹！苏丹！”守军将他擒住，解往苏丹处。苏丹问他到此有什么目的。方济各勇敢地回答道：“我不是人派来的，我是至高的天主派来的。我到这里来，向你们传播福音的真理，救恩的道路。”苏丹一连召见了方济各几次，对他的勇气非常钦佩，挽留他住下，不要回去。方济各道：“假如你和你的人民接受天主的真理，我很愿意在这里住下，假如你的主意还拿不定，一时不能判别什么是真理路，你可以点起火来，我和你们的司祭一同踏进火里去。你就会知道哪一个宗教是真理了。”苏丹表示这件事没有办法接受。过了几天，就送方济各回到十字军的军营。方济各很失望，取道往巴勒斯坦朝圣。

1223年，方济各在格里印（吕弟山谷）度圣诞节。他对若望德维里大说：“我要纪念诞生在白冷的圣婴。我要用我的双目瞻仰圣婴怎样诞生在贫苦之中，躺在马槽里，上面铺些干草，与牛驴为伴。”方济各就在修院小堂里搭了一个马槽，圣诞子夜做弥撒时，他担任六品辅祭。圣诞节搭马槽，可能在1223年以前已经有这种习惯，可是自从方济各提倡以后，这习惯普遍流行，至今成为圣诞节的主要点缀品。

方济各在格里印住了几个月，独居祈祷。天主厚赐予他各种神恩，可是圣人太谦逊，不肯向人透露。他的秘书兼听告解司铎利昂说：“我亲眼看见他祈祷的时候，好几次身悬空中，我只能碰到他的脚。”

1224年圣母升天瞻礼，方济各退隐亚尔未纳山，居住在一间小屋里。他只带了利昂一个人去。就在那一年的圣十字架瞻礼，方济各获赐耶稣五伤的印痕（参阅九月十七日“圣方济各受五伤圣痕瞻礼”）。为了不让别人知道这个特恩，从那一天起，圣人就用衣袖盖住双手，脚上穿鞋袜。可是他征询了依鲁米诺和其他会士的意见后，很惶恐地向他们透露了这段奇事。他说：“那时候天主赏赐他知道了许多事，可是他不愿向别人透露。”

有一次，方济各患病，人们向他提议，叫一位会士来读书给他听，籍以稍减痛苦。方济各道“思念吾主的生活和他的苦难至死，使我们获得了最大的安慰。即使我长生不老，活到世界末日，我也不需要用书籍来解闷。”方济各常常瞻视耶稣赤身钉在十字架上的苦像，所以特别喜爱贫穷，视贫穷为“爱妻”。

方济各重视学问，绝不轻视知识，可他认为学问是成圣的“方法”，不是“目的”。假如会士不因学问而荒废祈祷，那才是好的；相反的，一个人自炫才学，骄傲自大，那绝对是有害的。

方济各获赐了五伤的印记，在离开亚尔未纳山以前，编了一段圣诗（一般称为“至高天主赞美词”），过了圣弥额尔瞻礼，下山回到修院。

圣人在世的岁月屈指可数，再过两年，就要脱离尘世，享受永生的赏报。在这最后两年的生活，有时在痛苦中度过，有时在神乐中。只是方济各的健康，一天比一天恶化，视力大损。 1225年夏季，乌古利诺枢机和厄利亚斯副会长，强迫他到吕弟请教宗御医诊治。他接受劝告，赴吕弟途中，顺道到达弥盎堂和圣女加辣作最后一次会晤。那时候，他的病痛异常剧烈，可是还抱病编了一首圣歌，教会士们唱。医生的治疗方法，不能减轻圣人的疾病。他写了一封信给会士，敦嘱大家相亲相爱，爱好神贫，实践神贫的精神，敬爱教会神职人员。去世前不久，圣人写了一张遗嘱，劝会士严守会规，亲手作工，作工的目的不是为了赚钱，而是为了避免闲暇，给众人树立榜样。

亚西西的医生们很坦白地告诉方济各，他的寿命只有几星期。他欢呼道：“死亡‘妹妹’！我欢迎你。”他就叫人把他抬到巴丁古拉去，到了一座山上，可以遥遥眺望亚西西城。他叫抬病架的人暂停，举目望着亚西西城求天主降福亚西西城和方济各会会士。

方济各写了一封遗书给圣女加辣和加辣会的修女。他叫修士拿面饼来，擘开了，分给众人，作为友爱和平安的标志。他对众会士说：“我份内应作的事，都已经做好了。愿基督教导你们尽好你们的本份。”人们把他抬到地上，身上盖了一件旧衣，那还是别人借给他的。他最后一次嘱咐会士爱天主、爱贫穷、爱福音，举手祝福全体会士，包括在场的会士和不在场的会士。人们高声念若望福音耶稣受难一章。方济各瞑目安逝，时在1226年10月3日。两年之后就被列入圣品，几乎可以说，他是全世界最著名最受敬爱的圣人。

方济各临死前嘱人们把他的尸体葬在罪犯的公墓，可是他去世后第二天，大家以隆重的礼节，将遗尸迎往亚西西城圣乔治堂。方济各立圣品后第二年，秘密移往大堂。六百年后（1818年），经过了五十二天的搜索，人们在大堂大祭台下面发掘到圣人的遗尸。

方济各去世时，只有四十四岁（一说四十五岁）。他手创的修会，数百年来，繁荣发展，分院遍设世界各地，造福人类，发扬基督的精神。人们常说：“方济各生前，已一致公认为圣人；去世以后，历代的人也一致公认他是圣人。就是现代不信天主教的人，也一致公认他是圣人。”

圣方济各说：“神贫是通天的大路，是谦逊的保姆，是成圣的基础。”